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旗舰店指以自有品牌或由商标权人提供独占授权的品牌入驻天猫开设的店铺，也就是在电商平台上品牌旗舰店只有一个;专营店指同一天猫经营大类下经营两个及以上品牌的店铺，意思是专营店经营的是两个及两个以上品牌的店铺，同一电商平台可以存在多个同一品牌的专营店。天猫商城里旗舰店是以品牌加旗舰店命名或者是以品牌加类目加旗舰店命名;专营店是以企业名字加类目命名的，比如某某有限公司，公司要做数码产品，那么名字为某某数码专营店。
旗舰店和专营店没有好坏之分，旗舰店做的品牌只有一个，专营店可以做多个品牌，很多人以为专营店上面肯定有个旗舰店，其实也不尽然，想做多个品牌的商家可以用多个品牌申请专营店。申请专营店必须要有两个品牌才能申请，店铺申请下来想做其它品牌，可以向天猫申请添加品牌。品牌添加不是在中国商标总局注册商标的品牌就能添加进去，天猫专营店要添加品牌，热招品牌池的品牌可以，在天猫或者其它电商平台运营的比较好的品牌可以添加进去。
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