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秸秆收储是关系到综合利用的重点，而机械化则是收储的关键环节。
机械化能有效地解决秸秆收储问题，但秸秆的季节性供应与工业长期使用之间的矛盾，对秸秆的存储设备提出了更高的要求。让人欣喜的是，近年来，国家将秸秆还田、青贮等相关机具纳入农机购置补贴范围。2015年中央财政专门拿出7亿元，对主产区的秸秆能源化利用企业给予补贴，要求每个项目补贴不超过总建设额度的10%，且主要集中在京津冀地区。同时，部分地区对机械化还田作业有少量补贴。因此，笔者认为，要加快建立秸秆收储运输市场化机制，降低收储运输成本，才能推进秸秆综合利用的规模化、产业化发展；才能按照“政策支持、示范引导、以农为主、产业发展、市场运作”的思路，因地制宜推进秸秆“五料化”全量利用。
另外，由于秸秆产业链尚未形成，收集成本高及体系缺陷也难以满足规模化工业利用的需要。就目前来看，国家政策主要围绕秸秆综合利用产品，对生产企业给予支持，但在秸秆收储运、终端产品应用等薄弱环节，却依然缺乏相应的政策措施。另外，由于秸秆收集机械一次性投资大、作业时间短、机械利用率低等不利因素，也影响了农民购机的积极性。
因此，笔者认为，应在统筹考虑秸秆收、储、运、用各环节的支持方式时，按照秸秆产地合理区域半径的就近、就地利用原则，降低收储运成本，建立健全政府推动、秸秆利用企业和收储组织为轴心、经纪人参与、市场化运作的秸秆收储运体系。同时，国家应尽快制定和完善可操作的制度和补贴扶持政策，在农机化补贴扶持政策基础上，单独给予秸秆机械补贴优惠政策，特别是要进一步加大旋耕机、反转灭茬机、秸秆粉碎机等先进适用农机具推广力度，全面提高秸秆机械化还田和综合利用率，并且国家应重视对秸秆收储运技术和装备研发的资金投入。